O Σκάρος υπήρξε μια πολύβουη καστροπολιτεία με 200 σπίτια, καλντερίμια και εκκλησίες. Αν και ήταν πιο σπουδαίος από τους πέντε οχυρωμένους οικισμούς της Σαντορίνης, σήμερα δεν διασώζονται πολλά κομμάτια του οικισμού. Ο Σκάρος ήταν η πρωτεύουσα της Σαντορίνης μέχρι τον 18ο αιώνα. Η εκκένωση του οικισμού είχε ξεκινήσει στις αρχές του 17ου αιώνα. Ο βράχος είχε κλονιστεί επανειλημμένα από ισχυρούς σεισμούς. Η ιστορία του Σκάρου αρχίζει το 1207, μετά την εδραίωση της ενετικής κατοχής στην Θήρα και την ένταξη του νησιού στο Δουκάτο του Αιγαίου. Στον φυσικά οχυρό βραχώδη όγκο επέλεξαν οι νέοι άρχοντες να ιδρύσουν την πρωτεύουσά τους: εκεί έχτισαν το δουκικό παλάτι, τον καθεδρικό ναό (ντόμο) και έδρα του καθολικού επισκόπου του νησιού, μοναστήρια και αρχοντικές κατοικίες. Ο Σκάρος, όμως, υπέστη μεγάλες καταστροφές από τον τρομερό σεισμό του 1650. Τότε αποφασίστηκε να ιδρυθεί νέο «μητροπολιτικό» κέντρο στα Φηρά.
