Ο μαραθώνιος περιλαμβάνεται στο πρόγραμμα των Ολυμπιακών Αγώνων από την πρώτη διοργάνωση του 1896 στην Αθήνα. Η ιδέα για την καθιέρωσή του ανήκει στον Γάλλο φιλόλογο Μισέλ Μπρεάλ, ο οποίος έπεισε τον φίλο του Πιερ ντε Κουμπερντέν να τον συμπεριλάβει στο πρόγραμμα των Α’ Ολυμπιακών Αγώνων της Αθήνας, σε ανάμνηση της νίκης των Ελλήνων κατά των Περσών στο Μαραθώνα (490 π.Χ.), την οποία ανήγγειλε στους Αθηναίους ο ημεροδρόμος Φειδιππίδης με την κραυγή «Νενικήκαμεν», προτού αφήσει την τελευταία του πνοή έχοντας διανύσει τρέχοντας την απόσταση από το πεδίο της μάχης, στο Μαραθώνα.
Ο πρώτος μαραθώνιος έγινε στις 10 Μαρτίου 1896, κατά τη διάρκεια των Α’ Πανελληνίων Αγώνων Στίβου, και ήταν αγώνας πρόκρισης για τους Ολυμπιακούς Αγώνες της Αθήνας. Νικητής αναδείχθηκε ο Χαρίλαος Βασιλάκος με 3 ώρες και 18 λεπτά.
